| 1962. 04 |
농촌진흥청 식물환경연구소 설립 |
| 1966. 04 |
국립농업자재검사소 설립 |
| 1973. 07 |
식물환경연구소를 농업기술연구소로 개칭 |
| 1981. 11 |
농약연구소 설립 |
| 1991. 11 |
농업유전공학연구소 설립 |
| 1994. 12 |
농업과학기술원 설립(농업기술연구소, 농업유전공학연구소, 농약연구소 통합 및 국립농업자재검사소의 일부 기능 흡수) |
| 1998. 08 |
잠사곤충연구소 편입 |
| 2002. 03 |
- 직제개편 (4부 15과 → 3부 1연구소 14과)
- 생물자원부 → 농업생명공학연구원 독립
- 농촌생활연구소 → 농과원 소속기관 (2차기관)
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| 2004. 01 |
- 직제개편 (3부 1연구소 14과 → 3부 1연구소 16과)
- 농업생물부 신설(작물보호부, 병 · 해충 잡초분야 및 잠사곤충부 통합)
- 농산물안전성부 신설(작물보호부 안전성분야 확대 개편)
- 농촌자원개발연구소 신설(농촌생활연구소 기능 개편)
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| 2008. 10 |
- 정부 조직개편으로 인하여 기관명칭 변경
- 농업과학기술원 → 국립농업과학원
- 농업공학연구소 편입
- 농업생명공학연구원 및 유전자원센터 편입
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| 2008. 10 |
- 직제개편 (3부 1연구소 16과 → 5부 1연구단 1센터 23과)
- 농업공학부·농업생명자원부·한식세계화연구단·농업유전자원센터 신설
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| 2009. 09 |
- 직제개편 (5부 1연구단 1센터 23과 → 6부 1센터 23과)
- 한식세계화연구단 → 농식품자원부
- 유해물질과 → 유해화학과
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| 2010. 06 |
- 직제개편 (6부 1센터 23과 → 6부 1센터 23과 1팀)
- 농업미생물과 → 작물보호과
- 농약평가과 → 농자재평가과
- 농업미생물팀 신설
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| 2012. 06 |
직제개편 (6부 1센터 23과 1팀 → 6부 1센터 23과 2팀) * 직제변경
- 농산물안전성부 유기농업과 → 농업환경부 유기농업과
- 농업생물부 작물보호과 → 농산물안전성부 작물보호과
- 농업생물부 농업미생물팀 → 농업생물부 농업미생물과
- 농산물안전성부 유해생물과 → 농산물안전성부 유해생물팀
* 과명칭변경
- 농업환경부 토양비료관리과 → 토양비료과
- 농산물안전성부 유해화학과 → 화학물질안전과
- 농업공학부 수확후처리공학과 → 수확후관리공학과
- 농업공학부 농업재해예방과 → 재해예방공학과
- 농업생명자원부 유전자분석개발과 → 유전체과
- 농업생명자원부 기능성물질개발과 → 생물소재공학과
- 농업생명자원부 신작물개발과 → 분자육종과
- 농식품자원부 전통한식과 → 가공이용과
- 자원부 발효이용과 → 발효식품과
* 팀신설
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| 2014. 07 |
전북혁신도시 이전 |
| 2015. 11 |
직제개편(6부 1센터 23과 2팀 → 6부 1센터 23과 3팀 : 밭농업기계화연구팀 신설) |
| 2016. 11 |
직제개편(6부 1센터 23과 3팀 → 6부 1센터 23과 4팀 : 농업인안전보건팀 신설) |
| 2023. 04 |
직제 개편(6부 2센터 25과 1팀 : 농업인안전보건팀 폐지, 재해예방공학과 → 안전재해예방공학과) |
| 2024. 05 |
직제개편(6부 25과 1팀 2센터: 농업위성센터 신설) |
| 2025. 02 |
직제개편 (5부 23과 1센터)
- 농식품자원부 국립식량과학원 이관
- 밭농업기계팀 → 밭농업기계과, 해충잡초방제과·농업로봇과·슈퍼컴퓨팅센터 신설 등
- 기후변화대응과, 디지털육종지원과 등 과 명칭 및 직제 변경
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